자연환경·수자원·해안·생태계·상수원 및 국가유산의 보전과 수산자원의 보호·육성 등을 위하여 필요한 지역으로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 도시·군관리계획으로 결정·고시된 지역을 말한다.

자연환경보전지역은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 용도지역 중의 하나이며, 자연환경·상수원 보전과 수산자원 보호·육성 등을 위하여 필요한 지역을 대상으로 지정한다.

관리지역 안의 산림 중 「산지관리법」에 따라 보전산지로 지정·고시된 지역으로서 해당 고시에서 자연환경보전지역으로 구분된 지역은 자연환경보전지역으로 결정·고시된 것으로 본다.

자연환경보전지역 안에서 건폐율 및 용적률의 최대한도는 각각 20% 이하, 50% 이상 80% 이하 범위에서 관할 구역의 면적과 인구 규모, 용도지역의 특성 등을 고려하여 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 또는 군의 조례로 정한다.

자연환경보전지역 안에서 건축물의 용도·종류 및 규모 등의 제한은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 별표 22에서 정한다. 다만, 「건축법 시행령」 별표 1에서 2012년 1월 20일 이후 새로 규정된 건축물 중 별표 2부터 별표 22까지에서 정하지 아니한 건축물은 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 또는 군의 도시·군계획조례로 그 종류 및 규모 등의 제한을 따로 정할 수 있다. 또한 자연환경보전지역 중 「자연공원법」에 따른 공원구역, 「수도법」에 따른 상수원보호구역, 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따라 지정된 지정문화유산과 그 보호구역 또는 「자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따라 지정된 천연기념물등과 그 보호구역, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」에 따른 해양보호구역인 경우에는 각각 해당 법령에서 정하는 바에 따르고, 수산자원보호구역인 경우에는 「수산자원관리법」에서 정하는 바에 따른다.