지하수자원의 보전·관리가 필요한 지역으로서 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 에 따라 도지사가 지정·고시할 수 있는 구역을 말한다.

지하수자원특별관리구역은 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 대상으로 지정할 수 있다.

① 지하수위가 현저하게 낮아지고 있거나 낮아질 우려가 높은 지역

② 해수 또는 염수 침입의 우려가 높거나 지하수 중의 염소이온농도가 먹는물 수질기준을 초과하고 있는 지역

③ 장래 용수수요를 위하여 지하수의 개발·이용을 제한할 필요가 있는 지역

④ 그 밖에 지하수의 수량과 수질보전을 위하여 도조례로 정하는 다음에 해당하는 지역

- 국가 또는 제주자치도가 설치한 상수원 또는 농업용수의 취수량과 수질보전을 위하여 필요하다고 인정되는 지역

- 지하수의 오염으로 지하수 이용에 지장을 초래하거나 오염될 경우 향후 지하수 이용에 지장을 줄 우려가 있는 지역

- 지하수 함양량 증대를 위하여 지하수 허가 제한 등 보전·관리가 필요한 지역

도지사는 지하수자원특별관리구역을 지정하거나 변경할 때 미리 도의회의 동의를 받아야 하며, 지정 전에 지하수 부존특성 및 지속이용가능량, 개발·이용실태, 지하수위 및 수질 현황과 변화 추세, 수질오염원 분포 및 개발·이용에 따른 영향 등에 관한 기초조사를 실시하여야 한다. 지정 또는 변경 후에는 지정일 또는 변경일, 명칭, 위치 및 면적, 사유와 경계가 표시된 지형도면 등을 고시하여야 한다.

지하수자원특별관리구역으로 지정·고시된 경우 도지사는 6개월 이내에 지하수관리계획을 수립·시행하여야 하며, 5년마다 그 시행결과를 평가하고 필요한 조치를 하여야 한다. 관리계획에는 지하수 취수량의 조정, 지하수위 및 수질 모니터링, 지하수개발·이용시설의 정비 및 지하수 수질 관리방안 등이 포함된다.

지하수자원특별관리구역으로 지정된 경우에는 지하수개발·이용허가를 하여서는 아니 된다. 다만, 관계 법령과 조례에 따른 예외가 있을 수 있다.